建国后，叶芳炎担任上海市军事管制委员会法院接收处副处长、市人民法院副院长、市政法委员会秘书长、市司法局副局长，上海社会科学院党委委员、图书馆长、法学研究所党委书记，中国法律史学会副会长等职。

叶芳炎对于文史很有研究。他在新四军军部工作期间，深受陈毅军长的器重，写信称赞他是章太炎的高足。鼓励他整理先秦学说。在北京革命军事博物馆和延安等地，还保存有他为新四军和政权建设方面所起草的文稿。

建国后，叶芳炎对改造旧司法机关，健全社会主义民主与法制方面，作出了积极的贡献。在“文化大革命”中，他对“四人帮”倒行逆施，进行了坚决的斗争。中国共产党十一届三中全会以后，党中央拨乱反正，使他深受鼓舞，日以继夜地带病工作。在生命的最后时刻，仍然坚持学习，他说：“不死就得坚持”。1982年7月，因病逝世，终年74岁。