余继峰长期从事能源盆地分析、测井地质及地质定量解释等方面的研究工作，将小波变换数学工具及计算机应用技术应用于测井数据的地质解释，在层序地层划分、米氏旋回层识别以及油气储层非均质性识别等方面做过大量研究工作。参加完成国家自然科学基金项目、国家“973”项目专题、省部级科技攻关项目等纵向课题8项及企业委托横向项目7项。主持中国石油天然气总公司“九五”科技攻关项目专题、教育部留学回国人员科研启动基金项目、中国博士后科学基金项目、山东省重点实验室开放基金项目、国家自然科学基金面上项目各1项。主持中石化、中石油横向科研课题5项。发表学术论文53篇，其中被EI收录9篇，SCI收录3篇。

先后在英国、日本、香港、青岛、北京、上海、西安、桂林、成都、等地参加国际、国内学术会议并作论文报告。合著专著4部，参编或副主编教材3部，其中“十一五” 规划教材2部。科研成果获得山东省科学技术二等奖1项，三等奖1项，煤炭协会科技进步三等奖1项，省教委科技进步奖4项，青岛市科学技术三等奖1项。

为沉积地质学、旋回地层学、测井地质学等。先后完成和承担国家“973”项目专题1项、国家自然科学基金项目2项、省部级项目2项；出版相关学术著作4部，在国内外刊物及会议发表学术论文60余篇，其中被SCI、EI收录检索15篇, 论文他引680余次，其中单篇他引最高次数达120 余次。2011年获山东省科技进步一等奖，2012年获教育部科技进步二等奖1项，2013年获中国煤炭工业科学技术二等奖。