俺答汗和索南嘉措在他们会见后的十年中，虽然相继去世，但是由于他们生前所作的各种安排和已经建立起来的各种关系，不仅没有停顿，而且得到了继续发展，。索南嘉措去世后的第二年，即公元1589年，俺答汗之孙苏弥尔的夫人(系成吉思汗弟哈撤尔十六世孙诺诺·卫征诺颜之女，名拜罕·珠拉)生育一子，很快就被蒙古王公和藏族格鲁派的僧人共同确认为是三世达赖索南嘉措的转世。 接着，西藏格鲁派上层如三世达赖索南嘉措的管家班觉嘉措等也承认了这一认定，1592年班觉嘉措还到内蒙古进行认定，并命名为云丹嘉措