1992年起任教北大，作教育经济学和财政的研究，担任高教所常务副所长，稍后又兼任学校财务部副部长和校办产业管理委员会副主任的工作；

1999年起任北京大学教育学院常务副院长。

1999年加入北京北大方正集团公司，曾任副董事长，对集团业务及管理架构进行了卓有成效的整合。

2001年6月担任方正科技董事长兼总裁，在主业PC竞争激烈的大势下，推出新的管理架构和运营模式，使方正电脑业绩不俗。

2001年10月31日接任北大方正集团董事长。

曾任方正集团董事长、北大方正投资有限公司董事长、北京方正产业控股有限公司董事长、方正控股有限公司执行董事。

2015年1月5日晚间，方正集团称，公司魏新应相关部门要求协助调查。