元军曾于十三世纪侵日，被神风所阻。日本遂与中国断交。至元大德三年（1299）年，元成宗为与日本修好，派遣一宁等为使者，出使日本。受日本天皇后宇多隆重欢迎，一宁向天皇递交了元成宗的诏书。

后宇多天皇对一宁十分尊敬，将一宁留下任镰仓建长寺的主持。一宁便留在日本弘扬佛法。一宁在镰仓，京都等地广扬禅风，门下精英辈出。所创的法系成为日本禅宗的「二十四流派」之一。

公元1317年，一宁在日本京都南禅寺圆寂。日本天皇尊为国师。他的塔祠至今仍存于日本京都南禅寺。