尼基施曾经在维也纳音乐学院学习小提琴，钢琴和作曲。在1872年到1877年他作为小提琴手在不同的乐团里面演出。

从1878年到1887年他成为莱比锡国家剧院乐队长。1884年12月30日他在莱比锡新剧院里指挥了 布鲁克纳第七交响曲的首演。

1895年他继卡尔·瑞内克之后成为莱比锡格万豪斯乐团的首席指挥，直至逝世。

同年他又担任了 柏林爱乐乐团的首席指挥。他们合作在1913年录下第一个完整的交响乐录音—— 贝多芬的第五交响曲（命运）。

1922年1月23日尼基施逝世于莱比锡，终年66岁，葬于莱比锡南灵园。

在他死后，他的莱比锡故居被定名为“ 尼基什故居”。1971年莱比锡建立阿尔图· 尼基什青年 指挥家大奖。