顺治二年（1646）正月，福王朱由崧在南京建立南明弘光王朝，函可将亲历清兵攻陷南京的重大事变记为私史《再变纪》。顺治四年（1648），函可携洪承畴所送印牌离开南京返广东，出城时被清兵搜出有朱由崧答阮大铖的书信以及《再变纪》手稿而被捕。后被押解送北京，又流放辽阳千山，敕住慈恩寺。

函可流放千山期间创“冰山诗社”及开堂说法。据其法侄今辨撰《重梓千山剩人和尚语录序》称，函可“七坐道场，全提直指，绝塞罕闻，称佛出世。”清顺治十七年（1660），函可迁化于沈阳金塔寺，时年49岁。（《五灯全书》、《博罗县志》有传）。