薛宗正先后在新疆奇台县第一中学、奇台县师范学校、昌吉师范专科学校任教，1979年开始发表学术论文。1980年考入中国社会科学院，助理研究员，调入刚组建的新疆社会科学院，在历史研究所从事专业历史研究工作至今。

薛宗正主要研究领域为隋唐时期西北边疆史、民族史（突厥史、吐蕃史、回纥史）。

在《历史研究》、《中国史研究》、《民族研究》等权威刊物上，发表专业学术论文数十篇；

出版个人专著4部：

《突厥史》（中国社会科学出版社1992年）；

《历代西陲边塞诗研究》（敦煌文艺出版社，1993年）；

《安西与北庭》（黑龙江教育出版社，1995年）；

《吐蕃王国的兴衰》（民族出版社，1997年）；

主编了《新疆古代史事记》，《中国新疆古代社会生活史》(国家社会科学基金资助项目，魏晋南北朝至隋唐部分)；

并参加了《中国历史大辞典·民族史卷》、《中国历史大辞典·历史地理卷》、《中国历史大辞典·隋唐五代史卷》、《丝绸之路文化大辞期(任编委)，《新疆历史词典》(任编委)等大型辞书中辞条的撰写工作。

总计发表论著近200万字。

边塞诗风西域魂:古代西部诗揽胜

古城沧桑：北庭——西域史话

中亚内陆大唐帝国

中国新疆:古代社会生活史

北庭都护府

古代回鹘

古代高昌

佛国于阗

邱处机----新疆历史画丛

鸠摩罗什----新疆历史画丛

耶律大石----新疆历史画丛

古川逝水：伊犁——西域史话

丝绸之路北庭研究

突厥稀见史料辑成－正史外突厥文献辑萃

玄奘----新疆历史画丛